Marko Magister je bil leta 1990 med ustanovitelji Slovenskih krščanskih demokratov SKD in tudi prvi vodja kamniške podružnice SKD.
Bil je nosilec liste SKD v kamniški volilni enoti na prvih demokratičnih volitvah v Družbenopolitični zbor republiške skupščine, na listi Demos na Kamniškem je bil izvoljen v DPZ občinske skupščine. Med 1990 in 1992 je bil član Izvršnega sveta Občine Kamnik, ki ga je vodila Marija Sitar, in sekretar oddelka za okolje in prostor ter član sklada stavbnih zemljišč.
Marjeta Humar je ob zadnjem slovesu zapisala: "Spoštovani Marko Magister, zahvaljujemo se Ti, da si premagal vse hudo, ki ga je tvoji družini in Tebi, nič krivemu otroku in fantu, povzročila nekdanja oblast, za tvoje delo v stranki, da si sprejel funkcijo v prvem izvršnem svetu po osamosvojitvi, kar ni bilo brez tveganja. Hvala Ti."
Med največje Magistrove uspehe sodi sklenitev pogodbe, po kateri kamniška občina, v katero je takrat sodilo tudi območje sedanje občine Komenda, odlaga smeti na odlagališče Barje. Tako se je občina Kamnik vključila v regijsko reševanje odlaganja komunalnih odpadkov in uvedla prvo ločevanje odpadkov v Suhadolski jami. S tem je bil rešen eden od velikih problemov. Uspešna so bila tudi prizadevanja za napeljavo telefonskega omrežja, ureditev Šutne in še marsikaj. Kasneje je delal na ministrstvu za promet.